Указом Кабинета Министров Азербайджанской Республики от 14 декабря 2010 года за номером 235 в Академии была создана докторантура как одна их форм высшего образования научно-педагогического состава.

Порядок организации и осуществление образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования - программам подготовки научно-педагогических кадров ведется на основании указа Кабинета Министров Азербайджанской Республики от 01 июля 2010 года за номером 129.

Подготовка кадров высшей квалификации проводиться в заочной форме по двум программам получения ученой степени доктора технических наук, получения ученой степени доктора философии по технике по специальностям:

1.3319.01-Судовая техника

2.3319.02-Судовождение и эксплуатация морского транспорта

3.3319.03-Судостроение и технология судоремонта

Срок обучения в докторантуре по программе получения ученой степени доктора технических наук 5 лет.

 Срок обучения в докторантуре по программе получения ученой степени доктора философии по технике 4 года.

Основными задачами докторантуры являются:

1. Организация учебной работы докторантов в части подготовки к сдаче кандидатских экзаменов.
2. Координация исследовательской деятельности докторантов и контроль ее осуществления в соответствии с утвержденными индивидуальными учебными планами работы.
3. Взаимодействие с отделами аспирантур других вузов и с диссертационными учеными советами с целью повышения эффективности подготовки научно-педагогических и научных кадров. 

Функции 
В соответствии с основными задачами на отдел аспирантуры возлагаются следующие функции: 
1. Формирование перспективного плана приема докторантов и диссертантов. 
2. Учет докторантов,  работающих над докторскими диссертациями. 
3. Организация приема в докторантуру  на основе конкурсного зачисления по результатам вступительных экзаменов и собеседования с предполагаемым научным руководителем. ).
4. Проведение ежегодной аттестации докторантов и диссертантов. 
5. Организация помощи докторантам и диссертантам в части формирования структуры и оформления диссертационной работы в соответствии с регламентирующими документами. 
6. Выдача документов и справок, подтверждающих статус докторанта и диссертанта.         

Правила приема в докторантуру

1.Прием в аспирантуру производится ежегодно и включает в себя следующие этапы: 
- собеседование претендента с научным руководителем; 
- прием документов; 
- заседание Приемной комиссии с целью допуска претендентов  к вступительным экзаменам;
- вступительные экзамены; 
- заседание Приемной комиссии с целью зачисления в аспирантуру; 
- выпуск приказа о зачислении в аспирантуру. 
Лица, ранее прошедшие полный курс обучения в аспирантуре, правом повторного поступления в аспирантуру на ту же специальность не пользуются. 
2. Собеседование с предполагаемым научным руководителем обязательно предшествует приему документов от претендента. Целью собеседования является выявление склонности поступающего к исследовательской работе и оценка возможного задела по теме диссертационной работы. Результат собеседования претендента с предполагаемым научным руководителем отражается в отзыве о качестве представленных научных трудов, либо о реферате по теме исследования. Реферат по предполагаемой теме исследований обязателен для всех претендентов, не имеющих официально заверенного списка научных трудов. 
3. Прием документов производится в срок назначаемый Кабинетом Министров Азербайджанской Республики.

В отдел докторантуры подается полный комплект документов, который содержит: 

- заявление о приеме в докторантуру на имя ректора Академии; 
- анкету, заверенную в отделе кадров по месту работы; 
- три фотографии 3 х 4; 
- автобиографию; 
- с характеристикой с места работы за подписью руководителя, скрепленное печатью;
- копию трудовой книжки; 
- заверенную копию диплома о высшем профессиональном образовании и приложение к нему; 
- заверенный список опубликованных научных трудов, либо реферат по тематике предполагаемых исследований; 
- копию удостоверения личности

4. В срок между окончанием приема документов и первым вступительным экзаменом проводится заседание Приемной комиссии, назначаемой ректором. Комиссия рассматривает поданные документы и выносит решение о допуске претендента к вступительным экзаменам и доводит до него свое решение уведомлением. Основанием к недопуску могут явиться: отрицательный отзыв научного руководителя на реферат, неполный пакет документов, несоответствие данных претендента требованиям Положения о подготовке научно-педагогических и научных кадров в системе послевузовского образования в АР. 
   5. Вступительные экзамены проводятся в срок назначаемый ректором Академии. Поступающие в докторантуру сдают конкурсные вступительные экзамены в следующей последовательности: иностранный язык, философия, специальность. Диплом с отличием не дает права засчитывать экзамены по философии и иностранному языку (даже сданные на отлично) в качестве вступительных. Пересдача вступительных экзаменов не допускается.
   6. Программы вступительных экзаменов должны быть предоставлены для свободного ознакомления соответствующих кафедр; кроме того, программы по философии и иностранным языкам - в читальном зале библиотеки. В случае корректировки программ, утвержденные на кафедрах программы вступительных экзаменов представляются соответствующими кафедрами в отдел докторантуры. 
5. 
   Приемная комиссия по результатам конкурсного отбора и в соответствии с контрольными цифрами приема принимает решение о зачислении по каждому претенденту.
   При недоборе по какой-либо форме обучения допускается конкурсное зачисление лиц, успешно прошедших вступительные экзамены и подававших заявление на иную форму обучения (по их желанию). 
6. 
   Зачисление в докторантуру производится приказом ректора, после утверждения темы и руководителя претендентов на Ученом Совете Академии. Решение о приеме в докторантуру или отказе в приеме сообщается поступающему в пятидневный срок после решения приемной комиссии.

Критерии аттестации обучающихся в заочной докторантуре

1. Аттестация за первый год предусматривает:

• обсуждение на кафедре концепции диссертационного исследования и утверждения темы (1-ое полугодие);
• подготовку экспериментальной базы и источников (литературы)(2-ое полугодие);
• сдачу кандидатского экзамена по информатике;
• выступление на научной конференции;
• аттестация на ведущей кафедре и Ученом Совете.

2. Аттестация за второй год предусматривает:

• сдачу оставшихся кандидатских экзаменов;
• подготовку к публикации не менее двух научных статей по теме исследования в издании, входящем в список ВАК;
• выступление на научной конференции.
• аттестация на ведущей кафедре и Ученом Совете.

 Аттестация за третий год предусматривает:

• первое обсуждение на кафедре диссертационного исследования;
• публикацию не менее двух научных статей по теме исследования в издании, входящем в список ВАК;
• выступление на научной конференции.
• аттестация на ведущей кафедре и Ученом Совете.

 

4. Аттестация за четвертый год предусматривает:

• итоговое обсуждение на кафедре диссертационного исследования;
• публикацию не менее двух научных статей по теме исследования в издании, входящем в список ВАК;
• представление автореферата и диссертационного исследования в диссертационный совет , назначение даты защиты и определение ведущей организации и официальных оппонентов;
• представление электронной версии автореферата и диссертационного исследования в совет для размещения автореферата на сайте Академии( за месяц до защиты)
• успешную защиту диссертации на соискание ученой степени доктора философских наук

За последние  4 года решением Высшей Аттестационной Комиссии при Президенте Азербайджана было разрешено создание единого Совета по защите диссертаций на базе Академии. Из 7 диссертационных работ , прошедших первичную апробацию на кафедрах, 6 диссертационных работ успешно прошли защиту на данных Советах.